Директор: Б.С. Юлдашев
Заместитель директора по научной работе: И.И. Садиков
Заместитель директора по инновации, внедрениям и международным связям: М.Ю. Ташметов
Ученый секретарь: С.Б. Игамов

• Лаборатория «Теоретической ядерной физики»
• Лаборатория «Физики многочастичных систем»
• Лаборатория «Ядерной астрофизики»
• Лаборатория «Ядерных технологий и физики ядерных реакторов»
• Лаборатория «Ядерной медицины»
• Лаборатория «Ядерной аналитики»
• Лаборатория «Радиохимии»

• Лаборатория «Радиационной физики оптических явлений»
• Лаборатория «Радиационной физики и техники твердотельной электроники»
• Лаборатория «Структурные превращения в твердых телах»
• Лаборатория «Физики наноструктурных и сверхпроводящих материалов»
• Лаборатория «Физики и технологии циклотронных радиоизотопов»
• Лаборатория «Междисциплинарных технологий»
• Лаборатория «Экологии и биотехнологии»

• Служба эксплуатации ядерного реактора
• Служба эксплуатации нейтронного генератора
• Служба эксплуатации циклотрона У-150
• Республиканская центральная изотопная лаборатория
• Служба эксплуатации гамма установки
• Служба очистки радиоактивных отходов
• Служба эксплуатаци иускорителя электронов “Электроника У-003”

• Главный инженер
• Служба ядерной и радиационной безопасности
• Служба пожарной безопасности
• Служба благоустройства санитарно-защитной зоны
• Административно-хозяйственная и инженерно-техническая служба

• Отдел информационно-коммуникационной службы
• Информационно-аналитическая служба
• Республиканский пункт захоронения радиоактивных отходов
• ГП «Радиопрепарат»
• ГП «Конструкторское бюро с опытным заводом»

• Главный юристконсульт
• Отдел кадров
• Канцелярия
• Спецчасть
• Бухгалтерия