Высшим органом Института является Ученый совет, в состав которого входят директор, заместители директора по научной работе, ученые секретари, действительные члены (академики) Академии наук и другие ведущие ученые, при необходимости, главные специалисты вспомогательных подразделений, председатель Совета молодых ученых, а также представитель профсоюзной организации.
В состав Ученого совета могут быть включены ведущие ученые и специалисты, работающие в других организациях.
Персональный состав Ученого совета утверждается Хайъатом Академии наук Республики Узбекистан по представлению директора сроком до пяти лет (в пределах срока полномочия директора).
Председателем Ученого совета по должности является директор института, в его отсутствие - заместитель директора по научной работе; ученым секретарем - ученый секретарь института.
Ученый совет: